微观上看，雨花石和玛瑙都是二氧化硅组成的， 关于雨花石定义，目前存在如下几种观点：

     其一，认为只有具有观赏价值的玛瑙砾石才叫雨花石,称为“雨花玛瑙”。产于他处的玛瑙石，也叫“雨花石”。其它砾石不叫雨花石。

     其二，认为凡是产在南京“雨花台砾石层”的所有砾石，不论是否具有观赏价值，都统称为“雨花石”，它是“雨花台砾石层”砾石的“简称”。

    其三，认为只有产于南京地区“雨花台砾石层”的具有观赏价值的砾石叫做雨花石。 最好的雨花石普遍认为是玛瑙质雨花石.